Không giống như các đảo khác, Mikura-jima vẫn còn hầu hết các khu rừng già và hệ thực vật đặc hữu của nó.

Suối nước lớn nhất của hòn đảo tạo thành thác Shirataki ( (thác Trắng), thác Shirataki?) cao 80m. Hòn đảo này có một hồ khoáng dưới lòng đất, được cho là có khả năng chữa bệnh và các vùng nước xung quanh đảo có rất nhiều thực vật giàu chất dinh dưỡng.[3]

Hòn đảo này là nơi có hoa phi điệp kép cũng như hải âu mặt trắng, cá heo mũi chai.[3]